| MirGeneDB ID | Cja-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-551-P1 Cfa-Mir-551-P1 Cli-Mir-551-P1 Cmi-Mir-551-P1 Cpi-Mir-551-P1 Eca-Mir-551-P1 Gja-Mir-551-P1 Hsa-Mir-551-P1 Laf-Mir-551-P1 Lch-Mir-551-P1 Loc-Mir-551-P1 Mdo-Mir-551-P1 Mml-Mir-551-P1 Mmr-Mir-551-P1 Neu-Mir-551-P1 Pab-Mir-551-P1 Pbv-Mir-551-P1 Pma-Mir-551-o1 Sha-Mir-551-P1 Spt-Mir-551-P1 Xla-Mir-551-P1a Xla-Mir-551-P1b Xtr-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021921.1: 38541597-38541654 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCACCAAAGGGGACUGUGGGGUGACCCUGGAAAUCCAGAGUGGGUGGGGCCUGUCUGACCCUCUAGGCGACCCACUCUUGGUUUCCAGGGCUGCCCUGGAAGCCACAGAUGGAGAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCACCAAAGGGGACUGU--| GA C GGG GUCUG GGGGU CCCUGGAAAUC AGAGUGGGU GCCU A UCCCG GGGACCUUUGG UCUCACCCA CGGA C GGAGAGGUAGACACCGAAGG^ UC U G-- UCUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-551-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAAUCCAGAGUGGGUGGGGCCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-551-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCGACCCACUCUUGGUUUCCA -58
Get sequence
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