| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-551-P1 Cfa-Mir-551-P1 Cja-Mir-551-P1 Cli-Mir-551-P1 Cmi-Mir-551-P1 Cpi-Mir-551-P1 Eca-Mir-551-P1 Gja-Mir-551-P1 Hsa-Mir-551-P1 Laf-Mir-551-P1 Lch-Mir-551-P1 Loc-Mir-551-P1 Mdo-Mir-551-P1 Mml-Mir-551-P1 Mmr-Mir-551-P1 Neu-Mir-551-P1 Pab-Mir-551-P1 Pbv-Mir-551-P1 Pma-Mir-551-o1 Sha-Mir-551-P1 Spt-Mir-551-P1 Xla-Mir-551-P1a Xla-Mir-551-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr7: 93453650-93453707 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAACCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAUUUAGAACAAAAGCUUGUUUGACCUUGGAAACCAAGAGUGGGUUGGGCCUGUUAGAUCACAUAGGCGACCCAUACUUGGUUUCAAGGGUUAGCAGGAAUAUCAAAAGCAGGCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAUUUAGAACAAAAGC---| U G A GG UGUUAG UUGUU GACCUU GAAACCAAG GUGGGUU GCC A GACGA UUGGGA CUUUGGUUC UACCCAG CGG U GUCCGGACGAAAACUAUAAG^ - A A -- AUACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-551-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAACCAAGAGUGGGUUGGGCC -22
Get sequence
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| Star sequence | Xtr-Mir-551-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GCGACCCAUACUUGGUUUCAA -58
Get sequence
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