| MirGeneDB ID | Laf-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-551 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-551-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-551-P1 Cfa-Mir-551-P1 Cja-Mir-551-P1 Cli-Mir-551-P1 Cmi-Mir-551-P1 Cpi-Mir-551-P1 Eca-Mir-551-P1 Gja-Mir-551-P1 Hsa-Mir-551-P1 Lch-Mir-551-P1 Loc-Mir-551-P1 Mdo-Mir-551-P1 Mml-Mir-551-P1 Mmr-Mir-551-P1 Neu-Mir-551-P1 Pab-Mir-551-P1 Pbv-Mir-551-P1 Pma-Mir-551-o1 Sha-Mir-551-P1 Spt-Mir-551-P1 Xla-Mir-551-P1a Xla-Mir-551-P1b Xtr-Mir-551-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010053.1: 19827543-19827602 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUCCCGGAGGCAACUGCCAGGUGACCCUGGAAAUCCAGAGUGGGUGAGGCCUGUCUGACCCUUUCUAGGCGACCCAUUCUUGGUUUCGAGGGUUGCCCUGGAAACCACAGAUGGGGAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCCCGGAGGCAACUG- -| UG G C GAG GUCUGA CCA GG ACCCU GAAAUC AGAGUGGGU GCCU C GGU CC UGGGA CUUUGG UCUUACCCA CGGA C GGAGGGGUAGACACCAAA C^ GU G U G-- UCUUUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-551-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAAUCCAGAGUGGGUGAGGCCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-551-P1_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCGACCCAUUCUUGGUUUCGA -60
Get sequence
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