MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Cmi-Mir-101-P1

Family name MIR-101 (all species)
Species Australian ghostshark (Callorhinchus milii)
MiRBase ID
Paralogues Cmi-Mir-101-P1-v1  Cmi-Mir-101-P2-v1 
Orthologues Aca-Mir-101-P1-v1  Ami-Mir-101-P1-v1  Bta-Mir-101-P1-v1  Cfa-Mir-101-P1-v1  Cja-Mir-101-P1-v1  Cli-Mir-101-P1-v1  Cpi-Mir-101-P1-v1  Cpo-Mir-101-P1-v1  Dno-Mir-101-P1-v1  Dre-Mir-101-P1-v1  Eca-Mir-101-P1-v1  Ete-Mir-101-P1-v1  Gga-Mir-101-P1-v1  Gja-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v1  Hsa-Mir-101-P1-v1  Laf-Mir-101-P1-v1  Lch-Mir-101-P1  Loc-Mir-101-P1-v1  Mal-Mir-101-P1-v1  Mdo-Mir-101-P1-v1  Mml-Mir-101-P1-v1  Mmr-Mir-101-P1-v1  Mmu-Mir-101-P1-v1  Mun-Mir-101-P1-v1  Oan-Mir-101-P1-v1  Ocu-Mir-101-P1-v1  Pab-Mir-101-P1-v1  Pbv-Mir-101-P1-v1  Rno-Mir-101-P1-v1  Sha-Mir-101-P1-v1  Spt-Mir-101-P1c  Spt-Mir-101-P1d  Sto-Mir-101-P1-v1  Tgu-Mir-101-P1-v1  Tni-Mir-101-P1-v1  Xla-Mir-101-P1a-v1  Xla-Mir-101-P1b-v1  Xtr-Mir-101-P1-v1 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3)		 KI635887.1: 6427948-6428004 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v2)		 Mir-101-P1-v1 KI635887.1: 6427947-6428005 [+] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 KI635887.1: 6427948-6428004 [+] UCSC Ensembl
Variant

Cmi-Mir-101-P1-v2
Seed UACAGUA
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
UUCUCAUGGUGGUUGCUGGCUGCUGUGUCUCAGUUCUCACAGUGCUGAUGCUGUCCAUUGUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAAGUCGGCAGUCGCCUGGGCUCCGCGGAGUG
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        
UUCUCAUGGUGGUUGCU--|       UGUC      C           A    GUCCA 
                   GGCUGCUG    UCAGUU UCACAGUGCUG UGCU     U
                   CUGACGGC    AGUCAA AGUGUCAUGAC AUGG     U
GUGAGGCGCCUCGGGUCCG^       UGAA      U           -    AAAUG 
     110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsUG at 5p(-14)
Tissue expression
- +
Bl Br Ey Gi He In Ki Li Mu Ov Pa Re Sk Sp Te Ut
Star sequence

Cmi-Mir-101-P1-v2_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- CAGUUCUCACAGUGCUGAUGCU -22
Get sequence
Mature sequence

Cmi-Mir-101-P1-v2_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence
Variant

Cmi-Mir-101-P1-v1
Seed ACAGUAC
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)		 
AUUCUCAUGGUGGUUGCUGGCUGCUGUGUCUCAGUUCUCACAGUGCUGAUGCUGUCCAUUGUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAAGUCGGCAGUCGCCUGGGCUCCGCGGAGUGU
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
AUUCUCAUGGUGGUUGCU--|       UGUC      C           A   UGUCCA 
                    GGCUGCUG    UCAGUU UCACAGUGCUG UGC      U
                    CUGACGGC    AGUCAA AGUGUCAUGAC AUG      U
UGUGAGGCGCCUCGGGUCCG^       UGAA      U           -   GAAAUG 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Tissue expression
- +
Bl Br Ey Gi He In Ki Li Mu Ov Pa Re Sk Sp Te Ut
Star sequence

Cmi-Mir-101-P1-v1_5p*
mirBase accessionNone
Sequence 
0- UCAGUUCUCACAGUGCUGAUGC -22
Get sequence
Mature sequence

Cmi-Mir-101-P1-v1_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAA -59
Get sequence