| MirGeneDB ID | Cmi-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Australian ghostshark (Callorhinchus milii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cmi-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P2 Ami-Mir-132-P2 Bta-Mir-132-P2 Cfa-Mir-132-P2 Cja-Mir-132-P2 Cpi-Mir-132-P2 Cpo-Mir-132-P2 Dno-Mir-132-P2 Dre-Mir-132-P2a Dre-Mir-132-P2b Eca-Mir-132-P2 Gga-Mir-132-P2 Gja-Mir-132-P2 Gmo-Mir-132-P2a Gmo-Mir-132-P2b Hsa-Mir-132-P2 Laf-Mir-132-P2 Lch-Mir-132-P2 Loc-Mir-132-P2 Mal-Mir-132-P2a Mal-Mir-132-P2b Mdo-Mir-132-P2 Mml-Mir-132-P2 Mmr-Mir-132-P2 Mmu-Mir-132-P2 Mun-Mir-132-P2 Neu-Mir-132-P2 Oan-Mir-132-P2 Ocu-Mir-132-P2 Pab-Mir-132-P2 Pbv-Mir-132-P2 Pma-Mir-132-o2 Rno-Mir-132-P2 Sha-Mir-132-P2 Spt-Mir-132-P2 Tgu-Mir-132-P2 Tni-Mir-132-P2a Tni-Mir-132-P2b Xla-Mir-132-P2c Xla-Mir-132-P2d Xtr-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165045.2_Callorhinchus_milii-6.1.3) |
KI635901.1: 1954345-1954406 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P2) |
Mir-2184-v2
KI635901.1: 1948839-1948898 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2184-v1 KI635901.1: 1948840-1948897 [+] UCSC Ensembl Mir-132-P1 KI635901.1: 1951348-1951406 [-] UCSC Ensembl Mir-132-P2 KI635901.1: 1954345-1954406 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AACAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAACGAGGCAAAAGGACGUCAGUCACCAGCACCUUGGCUCUAGACUGAUUACUGUGUGUGUGUGUCUGAGUAACAGUCUACAGUCAUGGCUACUGAGGGUUGGCAAUNNNNNNNNNNNNNNNGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAACGAGGCAAAAGGAC- GU AC CA-| U C A GUGUGUG GUCA C CAG CC UGGCU UAGACUG UUACU \ CGGU G GUC GG ACUGA AUCUGAC AAUGA U NNNNNNNNNNNNNNNUAA UG GA AUC^ U C - GUCUGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cmi-Mir-132-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUUGGCUCUAGACUGAUUACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cmi-Mir-132-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAACAGUCUACAGUCAUGGCUA -62
Get sequence
|
