| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-456 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-456 Ami-Mir-456 Cli-Mir-456 Cmi-Mir-456 Dre-Mir-456 Ebu-Mir-456 Gga-Mir-456 Gja-Mir-456 Gmo-Mir-456 Lch-Mir-456 Loc-Mir-456 Mal-Mir-456 Mun-Mir-456 Pbv-Mir-456 Pma-Mir-456 Sto-Mir-456 Tgu-Mir-456 Xla-Mir-456-P1 Xla-Mir-456-P2 Xtr-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584675: 4440676-4440736 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUUAUUUAAACUGCUGUGUGUAUGUGUGAGCAGGCAUCUUUUCAGCCUACAUGUGGAUUCCUAAAUCUGCAGGCUGGUUAGAUGGUUGUCAUACGUUCAUCUGAUAUCUGCUGAAAUGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUUAUUUAAACUGCUGU--| U G G UU A UGUGGAU GUG AUGUGUGA CAG CAUCU UCAGCCU CA U UAC UGCAUACU GUU GUAGA GGUCGGA GU C GUGUAAAGUCGUCUAUAGUC^ U - G UU C CUAAAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-456_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGCAUCUUUUCAGCCUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-456_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0037889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGGCUGGUUAGAUGGUUGUC -61
Get sequence
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