| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-456 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-456 Ami-Mir-456 Cli-Mir-456 Cmi-Mir-456 Cpi-Mir-456 Dre-Mir-456 Ebu-Mir-456 Gga-Mir-456 Gja-Mir-456 Gmo-Mir-456 Lch-Mir-456 Loc-Mir-456 Mal-Mir-456 Mun-Mir-456 Pbv-Mir-456 Pma-Mir-456 Sto-Mir-456 Tgu-Mir-456 Xla-Mir-456-P1 Xla-Mir-456-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr5: 56482179-56482239 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCUGCCACUUAAGCUUUGUGUGUGUGUGAGCAGGCAUCUUCUCAGCCUACAUGUAGAUUGUCAAAUCUGCAGGCUGGUUAGAUGGUUGUCAUACAUUCAUUUGAUAUCUGCAAAAAAGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCUGCCACUUAAGCUUU--| U G G UC A UGUAGAU GUG GUGUGUGA CAG CAUCU UCAGCCU CA U UAC UACAUACU GUU GUAGA GGUCGGA GU G UCGAAAAAACGUCUAUAGUU^ U - G UU C CUAAACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-456_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGCAUCUUCUCAGCCUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-456_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGGCUGGUUAGAUGGUUGUC -61
Get sequence
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