| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1987 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-1987 Pdu-Mir-1987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_122: 378005-378063 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1987) |
Mir-2705
CAPTEscaffold_122: 377048-377109 [+]
Ensembl
Mir-1987 CAPTEscaffold_122: 378005-378063 [+] Ensembl |
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| Seed | CUGCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACCAUGACCUUUGUUUGCCAGCGACAAUCACGACUUUACUUCUGAGCAUCUUGUUCUUGGCUGCAAACUGCCAGAUGUAAUGUUGUGCACGAAGUUGGUCCAGCCUCAAACAUGGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACCAUGACCUUUGUUU--| GACAAU U U A UCUUGUUCU GCCAGC CACGAC UUAC UCUG GCA U UGGUUG GUGUUG AAUG AGAC CGU G AGAGGUACAAACUCCGACC^ AAGCAC U U - CAAACGUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-1987_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGACUUUACUUCUGAGCAUCUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-1987_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCCAGAUGUAAUGUUGUGC -59
Get sequence
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