| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1996-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1996 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-1996b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-1996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dgr-Mir-1996 Snu-Mir-1996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_158: 126202-126269 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1996-as) |
Mir-1996
CAPTEscaffold_158: 126000-126057 [-]
Ensembl
Mir-1996-as CAPTEscaffold_158: 126202-126269 [-] Ensembl |
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| Seed | GGAUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUCGUGAGUGUUUCUAGCGUCUUCCAGCAUCAAGUGAGGUCAGAUCUUGGGUAAUGGUACUAUUUGGCGACCCAGGAUUACUGUUCUCAACUGACGCUGGCAGACUGCUCUCUUUGCUUCACUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAUCGUGAGUGUUUCUA - U A AG GU --| GUAAUGGUAC GC GUCU CCAGC UCA UGAG CAG AUCUUGG \ CG CAGA GGUCG AGU ACUC GUC UAGGACC U UCAUCACUUCGUUUCUCU U C C CA UU AU^ CAGCGGUUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-1996-as_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCAAGUGAGGUCAGAUCUUGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-1996-as_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- AGGAUUACUGUUCUCAACUGACG -68
Get sequence
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