| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1996 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-1996a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-1996-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dgr-Mir-1996 Efe-Mir-1996-P1 Efe-Mir-1996-P2 Efe-Mir-1996-P3 Pdu-Mir-1996-o1 Pdu-Mir-1996-o2 Snu-Mir-1996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_158: 126000-126057 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1996) |
Mir-1996
CAPTEscaffold_158: 126000-126057 [-]
Ensembl
Mir-1996-as CAPTEscaffold_158: 126202-126269 [-] Ensembl |
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| Seed | UCAAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGCGAUUUUUUGUCUAGCGUCUCGCUGUCUCAAGUGAGGUCAGUGCUGCUGUGUUUUCUAACAGGGGCACUGUCUUCAAUUGAAACCGUUGGACCGGAACUCACCAUCAAUUUCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUGCGAUUUUUUGUCUAGC--| C U C G U G GUGUU GUCU GC GU UCAA UGAGG CAGUGCU CU U CAGG UG CA AGUU ACUUC GUCACGG GA U CACUUUAACUACCACUCAAGGC^ U C A A U G CAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cte-Mir-1996_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAAGUGAGGUCAGUGCUGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cte-Mir-1996_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGGCACUGUCUUCAAUUGAAAC -58
Get sequence
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