| MirGeneDB ID | Dme-Mir-316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-316 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-316 Aga-Mir-316 Bge-Mir-316 Dan-Mir-316 Dmo-Mir-316 Dsi-Mir-316 Dya-Mir-316 Gpa-Mir-316 Hme-Mir-316 Tca-Mir-316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3L: 21668728-21668787 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUCUUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAAGUGGAUACACAAAUUCUAGUCGAUUUGUCUUUUUCCGCUUACUGGCGUUUCAAUUCCACAACGACAGGAAAGGGAAAAAGGCGUAUUUACUAUGAGUUUGCUCAGCGAUUUGCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAAGUGGAUACACAA- -| C U G A- G UUUCAA AUUC UAGU GAU UGUCUUUUUCC CUU CUG CG U UGAG AUCA UUA GCGGAAAAAGG GAA GAC GC U GACGUUUAGCGACUCGUU U^ U U - AG A AACACC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-316_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUCUUUUUCCGCUUACUGGCG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000408 TargetScanFly: dme-miR-316 |
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| Star sequence | Dme-Mir-316_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACAGGAAAGGGAAAAAGGCGUA -60
Get sequence
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