| MirGeneDB ID | Dme-Mir-9-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-9-P9 Dme-Mir-9-P10 Dme-Mir-9-P11 Dme-Mir-9-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-9-P12-v1 Aga-Mir-9-P12 Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bge-Mir-9-P12-v1 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dan-Mir-9-P12-v1 Dgr-Mir-9 Dlo-Mir-9-P12-v1 Dmo-Mir-9-P12-v1 Dsi-Mir-9-P12-v1 Dya-Mir-9-P12-v1 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gpa-Mir-9-P12-v1 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hme-Mir-9-P12 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 Tca-Mir-9-P12 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 16698572-16698634 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-P12-v1) |
Mir-9-P11
2L: 16697936-16698005 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-306 2L: 16698418-16698476 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v1 2L: 16698572-16698634 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2L: 16698572-16698634 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P13 2L: 16698758-16698820 [+] UCSC Ensembl Mir-1006 2L: 16724795-16724858 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dme-Mir-9-P12-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGCCUUAGAGUGAAGCUGACUUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUAAACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCUGCAGGUCAAUCGUCAGAAACAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGCCUUAGAGUGAAG- ACUU-| U CGC G AUAGAUUU CUG GCCA UGCUUUGG UUUAGCU UAUG \ GAC CGGU ACGAAACC AGAUCGA AUAC A AACAAAGACUGCUAACUG GUCUU^ U AUU A UUCAUCAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-9-P12-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-9-P12-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAAGCUAGAUUACCAAAGCAU -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000352 TargetScanFly: dme-miR-79 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dme-Mir-9-P12-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGCCUUAGAGUGAAGCUGACUUGCCAUUGCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGAUAGAUUUAAACUACUUCAUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAUUGGCUUCUGCAGGUCAAUCGUCAGAAACAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGCCUUAGAGUGAAG- ACUU-| U CGC G UAGAUUU CUG GCCA UGCUUUGG UUUAGCU UAUGA \ GAC CGGU ACGAAACC AGAUCGA AUACU A AACAAAGACUGCUAACUG GUCUU^ U AUU A UCAUCAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dme-Mir-9-P12-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020814 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUGGCGCUUUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dme-Mir-9-P12-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AUAAAGCUAGAUUACCAAAGCAU -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000352 TargetScanFly: dme-miR-79 |
