| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-9540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9540 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6540: 6632480-6632542 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9540) |
Mir-9538
scaffold_6540: 6630127-6630196 [+]
Ensembl
Novel-14 scaffold_6540: 6630484-6630544 [+] Ensembl Mir-9701 scaffold_6540: 6632027-6632085 [+] Ensembl Novel-15 scaffold_6540: 6632189-6632251 [+] Ensembl Mir-9540 scaffold_6540: 6632480-6632542 [+] Ensembl Mir-9703 scaffold_6540: 6634786-6634847 [+] Ensembl |
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| Seed | UCAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCUAUAUGAAAUAAAUUUUAUAUGACAUAAUUCGUACGUUACACUGAACAGAUUUGUGUACGAAUGCUCUGUUCAGUGCGAUGUGUGAAUCAUGUAUGUAAAAAGAGGCAGCGAAGAUGAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCUAUAUGAAAUAAAU---| A A UA AUUUGUGU UUUAUAUG CAU AUUCGUACGU CACUGAACAG \ AAAUGUAU GUA UAAGUGUGUA GUGACUUGUC A UAAGUAGAAGCGACGGAGAA^ - C GC UCGUAAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-9540_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUCGUACGUUACACUGAACAGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-9540_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCAGUGCGAUGUGUGAAUCA -63
Get sequence
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