| MirGeneDB ID | Dmo-Novel-15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | DMO-NOVEL-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. mojavensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6540: 6632189-6632251 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-15) |
Mir-9538
scaffold_6540: 6630127-6630196 [+]
Ensembl
Novel-14 scaffold_6540: 6630484-6630544 [+] Ensembl Mir-9701 scaffold_6540: 6632027-6632085 [+] Ensembl Novel-15 scaffold_6540: 6632189-6632251 [+] Ensembl Mir-9540 scaffold_6540: 6632480-6632542 [+] Ensembl Mir-9703 scaffold_6540: 6634786-6634847 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUGAUAUUAGCAUUGUUAGCUUUGUGUUUUUGUAAAGUCUUCUGCUAUUCCAUUACAUUCCGAUUGGAAUUACACGUUGAUUUUACAAAUAUACAGAAUUAAACAUCAUCCAUGGAAACUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUGAUAUUAGCAUUG-- C U UUC-| CU AUUACA UUAG UUUGUGU UUUGUAAAGUC UG AUUCC U AAUU AGACAUA AAACAUUUUAG AC UAAGG U CUCAAAGGUACCUACUACA A U UUGC^ AU UUAGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dmo-Novel-15_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGUAAAGUCUUCUGCUAUUCC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dmo-Novel-15_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAUUACACGUUGAUUUUACAAAUA -63
Get sequence
|
