| MirGeneDB ID | Dre-Mir-203-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-203b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-203-P1-v1 Dre-Mir-203-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-203-P1-v1 Lch-Mir-203 Mal-Mir-203-P1-v1 Pma-Mir-203-o1 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr20: 27405891-27405949 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P1-v2) |
Mir-203-P1-v1
chr20: 27405891-27405949 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P1-v2 chr20: 27405891-27405949 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-203-P1-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACUUAACAUGUGGCUUCCUCUUUGGCCGAGUGGUUCUCAACAGUUCAACAGUUCUUUUGAUGAUUGUGAAAUGUUCAGGACCACUUGAUCAGACGAAGGACAAUUUCACCUCUGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCACUUAACAUGUGGCUU - -| GC C G A GUUCUU CC UC UUUG CGAGUGGUUCU AACA UUCA CA U GG AG AGAC GUUCACCAGGA UUGU AAGU GU U AAAGUCUCCACUUUAACA A C^ UA C A - UAGUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-203-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUCAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-203-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAAAUGUUCAGGACCACUUG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-203b |
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| Variant | Dre-Mir-203-P1-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACUUAACAUGUGGCUUCCUCUUUGGCCGAGUGGUUCUCAACAGUUCAACAGUUCUUUUGAUGAUUGUGAAAUGUUCAGGACCACUUGAUCAGACGAAGGACAAUUUCACCUCUGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCACUUAACAUGUGGCUU - -| GC C G A UUCUU CC UC UUUG CGAGUGGUUCU AACA UUCA CAG U GG AG AGAC GUUCACCAGGA UUGU AAGU GUU U AAAGUCUCCACUUUAACA A C^ UA C A - AGUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-203-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUCAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-203-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGAAAUGUUCAGGACCACUUG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-203b |
