| MirGeneDB ID | Dre-Mir-203-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-203a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-203-P1-v1 Dre-Mir-203-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-203-P2-v1 Lch-Mir-203 Mal-Mir-203-P2-v1 Pma-Mir-203-o2-v1 Spt-Mir-203 Tni-Mir-203-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr17: 45808184-45808243 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P2-v2) |
Mir-203-P2-v1
chr17: 45808184-45808243 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P2-v2 chr17: 45808184-45808243 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-203-P2-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUUGGGUCUCUUCUGGUCCCUCUGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUAUCUCAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGAGUGACACUGUCUCUGAUUCUCAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUUGGGUCUCUUCUG--| C GC U G A GUUCUAU GUC CUCUGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CAG GAGACCA UCACCAGGA UUGU AAGU GU C AGACUCUUAGUCUCUGUCA^ U GU U A - UAAAACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-203-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
|
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| Mature sequence | Dre-Mir-203-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-203a |
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| Variant | Dre-Mir-203-P2-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUUGGGUCUCUUCUGGUCCCUCUGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUAUCUCAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCAGAGUGACACUGUCUCUGAUUCUCAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUUGGGUCUCUUCUG--| C GC U G A GUUCUAU GUC CUCUGGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CAG GAGACCA UCACCAGGA UUGU AAGU GU C AGACUCUUAGUCUCUGUCA^ U GU U A - UAAAACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-203-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-203-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-203a |
