| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-1006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1006 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dsi-mir-1006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-1006 Dme-Mir-1006 Dmo-Mir-1006 Dya-Mir-1006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 16252437-16252500 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1006) |
Mir-9-P11
2L: 16225666-16225735 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-306 2L: 16226178-16226236 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v1 2L: 16226326-16226388 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P12-v2 2L: 16226326-16226388 [+] UCSC Ensembl Mir-9-P13 2L: 16226513-16226573 [+] UCSC Ensembl Mir-1006 2L: 16252437-16252500 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAUUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUAUCCUGUCGACCCGGGUCAACUUCCAGGUGAGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAAUUGUUUGGUACAAUUUAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAGGUGCAAUACCAGUUGAUCUUCUGCUUGUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUAUCCUGUCGACCCG---| CAACUU AG UU AUGCGUAAAUUGU GGU CC GUGAGU GAAAUUGAA U CCA GG UACUUA CUUUAGCUU U GGUGUUCGUCUUCUAGUUGA^ UAACGU A- UU AAAUUUAACAUGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dsi-Mir-1006_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0012443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGAGUUUGAAAUUGAAAUGCGUAAA -26
Get sequence
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| Mature sequence | Dsi-Mir-1006_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAAUUCGAUUUCUUAUUCAUAG -64
Get sequence
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