| MirGeneDB ID | Dsi-Mir-4969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4969 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dme-Mir-4969 Dya-Mir-4969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
3R: 17136036-17136152 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4969) |
Mir-999
3R: 17135753-17135812 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4969 3R: 17136036-17136152 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGUAAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUGUUUUUGUAUGGAUUUUUCGGCGUGGCGGUAAAUUGAAUGAUGAGUGGGAGGAUGUCGCAGCCAUUGUUUGGUUGAUAAGGGAGCCUGGCGCACUAUUACCUGGCUCUCUGAAACGAGAGCCCACCUGUAAAUCAAUACCACCCCGCCGAAGCGACAUCAUCAUAAUAAUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 AUAUGUUUUUGUAUGGAUU--| U C AA AUG GA AGGAUGUCGCAGCCAUUGUUUGGUUGAUAAGGGAG UUUCGGCG GG GGUA UUGA AU GUGGG \ GAAGCCGC CC CCAU AACU UG CACCC C UACUAAUAAUACUACUACAGC^ C A -- AAA UC GAGAGCAAAGUCUCUCGGUCCAUUAUCACGCGGUC 170 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dsi-Mir-4969_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUAAAUUGAAUGAUGAGUGGGA -24
Get sequence
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| Star sequence | Dsi-Mir-4969_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
95- CCACCUGUAAAUCAAUACCACC -117
Get sequence
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