| MirGeneDB ID | Dya-Mir-3-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila yakuba) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dya-mir-318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dya-Mir-3-P1 Dya-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-3-P3 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P3 Dmo-Mir-3-P3 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_yakuba.dyak_caf1.dna.toplevel) |
3R: 10262545-10262602 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P3) |
Mir-2-P9-v1
3R: 10262385-10262453 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P9-v2 3R: 10262386-10262452 [+] UCSC Ensembl Mir-3-P3 3R: 10262545-10262602 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGAAAAGGUCCUCCGGUUUCAGUUUAUGGGAUACACACAGUUCAGUUUUGUCGCACUACAAGCAUCACUGGGCUUUGUUUAUCUCAUGAGAGCGAAAUUUGUUCAACAGAAACCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUGAAAAGGUCCUCCG- AG-| C C UU UCGCA GUUUC UUUAUGGGAUA ACA AGUUCAGU UG C UAAAG GAGUACUCUAU UGU UCGGGUCA AC U UUCCAAAGACAACUUGUU CGA^ U U CU GAACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dya-Mir-3-P3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUACACACAGUUCAGUUUUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dya-Mir-3-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCACUGGGCUUUGUUUAUCUCA -58
Get sequence
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