| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-130-P1e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-130-P1f Ebu-Mir-130-P1g Ebu-Mir-130-P2e Ebu-Mir-130-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010045.1: 4717604-4717666 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P1e) |
Mir-130-P4e
FYBX02010045.1: 4695358-4695421 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2e FYBX02010045.1: 4713895-4713956 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1e FYBX02010045.1: 4717604-4717666 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCAUCGAGAGACCCUCGUGACCAUCCGUUGCCCUUUUAGUGUUGUACUACUGUCCUGUUUGUUAACGAGCAGUGCAAUAUUAAAAUGGGCAUUGGCUGGUCACUAUAUAACUUCCUCGAGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCAUCGAGAGACCCUC-- U U -| A GUCCUGU GUGACCA CCG UGCCC UUUUAGUGUUGUACU CU U CACUGGU GGU ACGGG AAAAUUAUAACGUGA GA U UUGAGCUCCUUCAAUAUAU C U U^ C GCAAUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-130-P1e_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUUUUAGUGUUGUACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-130-P1e_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUGCAAUAUUAAAAUGGGCAU -63
Get sequence
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