| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-181-P1f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-181-P1e Ebu-Mir-181-P2e Ebu-Mir-181-P2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010771.1: 2873723-2873783 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1f) |
Mir-181-P1f
FYBX02010771.1: 2873723-2873783 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2f FYBX02010771.1: 2876237-2876304 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGUAGAUUGCCCCAUGGAAGCUUUGAGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUUGGUGAAAAAUUAAACCAUCGACCGUUGACUGUACCUCACAGCUAUCCAAAGCUUGGCCAAAUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGUAGAUUGCCCCAU- -| U A U CU A UUUGGUG GGA AGCU UGAGG ACA UCAACG GUCGGUG GU A CCU UCGA ACUCC UGU AGUUGC CAGCUAC CA A CAAUAAACCGGUUCGAAA A^ C A C -- - AAUUAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-181-P1f_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-181-P1f_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACCAUCGACCGUUGACUGUACC -61
Get sequence
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