| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-181-P2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-181-P1e Ebu-Mir-181-P1f Ebu-Mir-181-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010771.1: 2876237-2876304 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2f) |
Mir-181-P1f
FYBX02010771.1: 2873723-2873783 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2f FYBX02010771.1: 2876237-2876304 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAACAGGAUAAUUAGUCAGAAGUUGCGAUGAACAUUCACUGCUGUCGGUGGGUUGUCCCAUUGCUGGGAAAGUUAACCCGCCGGCCCGUGAAUGCUACCGCAGCUAAAAAUGGCAGCUCACUGAGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAACAGGAUAAUUAGUCAGA---| AUGAA UGCU UGUCCCAUUG AGUUGCG CAUUCAC GUCGGUGGGU C UCGACGC GUAAGUG CGGCCGCCCA U AGAGAGUCACUCGACGGUAAAAA^ CAUC- CC-- AUUGAAAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-181-P2f_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCACUGCUGUCGGUGGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-181-P2f_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- CCGCCGGCCCGUGAAUGCUAC -68
Get sequence
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