| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-30-P1g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-30-P1e Ebu-Mir-30-P1f Ebu-Mir-30-P2e Ebu-Mir-30-P2f Ebu-Mir-30-P2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010654.1: 3983106-3983165 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1g) |
Mir-30-P2g
FYBX02010654.1: 3982814-3982875 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1g FYBX02010654.1: 3983106-3983165 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUGGGCAUACACUGGCAGCAUGUGCGGCUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUGUGUCCAUGCUUAGCUUUCAGUCUGAUGUUUGCUGCCUCCAUCUGCACCACCUCAUCUCAGAACCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUGGGCAUACACUGGCA- U C-| U CUU GUGUC GCA GUG GGC GUAAACAUC GACUGGAAGCU C CGU UAC CCG CGUUUGUAG CUGACUUUCGA A GCCAAGACUCUACUCCACCA C CU^ U U-- UUCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-30-P1g_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-30-P1g_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUUUCAGUCUGAUGUUUGCUGC -60
Get sequence
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