| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-203-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-203a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-203-P1-v1 Gmo-Mir-203-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-203-P1-v1 Lch-Mir-203 Mal-Mir-203-P1-v1 Pma-Mir-203-o1 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_2769: 7536-7596 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P1-v2) |
Mir-203-P1-v2
GeneScaffold_2769: 7536-7596 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P1-v1 GeneScaffold_2769: 7537-7595 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-203-P1-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUCCCGGAACUGAAACGCUCUCUUUGGUCUAGUGGUUCUCAAUAGUUCAACAGUCUUUCUUGAUUUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCACUGAGCAGGAGAUCUCUGCCACACCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUCCCGGAACUGAAAC----| UCUU U C G A GUCUUU GCUC UGGUC AGUGGUUCU AAUA UUCA CA C CGAG ACCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GU U CCCCACACCGUCUCUAGAGGA^ UC-- U U A - UUUAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-203-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGUGGUUCUCAAUAGUUCAACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-203-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUGA -61
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-203-P1-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCCCGGAACUGAAACGCUCUCUUUGGUCUAGUGGUUCUCAAUAGUUCAACAGUCUUUCUUGAUUUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCACUGAGCAGGAGAUCUCUGCCACACCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUCCCGGAACUGAAACG- -| UU U C G A GUCUUU CU CUC UGGUC AGUGGUUCU AAUA UUCA CA C GA GAG ACCAG UCACCAGGA UUGU AAGU GU U CCCACACCGUCUCUAGAG C^ UC U U A - UUUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-203-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUCAAUAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-203-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -59
Get sequence
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