| MirGeneDB ID | Gpa-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-87-P2 Aga-Mir-87-P2 Bge-Mir-87-P2a Bge-Mir-87-P2b Cbr-Mir-87-o2 Cel-Mir-87-o2 Csc-Mir-87-P2k Csc-Mir-87-P2l Cte-Mir-87-P2 Dan-Mir-87-P2-v1 Dgr-Mir-87-P2 Dlo-Mir-87-P2 Dme-Mir-87-P2-v1 Dmo-Mir-87-P2-v1 Dsi-Mir-87-P2-v1 Dya-Mir-87-P2-v1 Gsp-Mir-87 Hme-Mir-87-P2 Hru-Mir-87-P2 Isc-Mir-87-P2 Lan-Mir-87-P2 Lpo-Mir-87-P2c Lpo-Mir-87-P2d Lpo-Mir-87-P2e Lpo-Mir-87-P2f Lpo-Mir-87-P2g Lpo-Mir-87-P2h Lpo-Mir-87-P2i Lpo-Mir-87-P2j Mgi-Mir-87-P2 Ofu-Mir-87-P2 Pau-Mir-87-P2 Pve-Mir-87-P2 Sne-Mir-87 Snu-Mir-87-P2 Tca-Mir-87-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GpalI1) |
Scaffold60: 202315-202381 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-P2-v1) |
Mir-87-P2-v1
Scaffold60: 202315-202381 [+]
Ensembl
Mir-87-P2-v2 Scaffold60: 202315-202381 [+] Ensembl |
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| Variant | Gpa-Mir-87-P2-v1 |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUCCUAAUUUUAAGCCGAUUUAUUUCAUUCGCACCUGUAUCUUGCUCAACCGUUACUUAUAUAAAAUCCGGUUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGAGAAAUUCAUCUAAGAAUCAACGGCCAAAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUCCUAAUUUUAAGCC-- UU AUU U-| C GUUACUUA GAU AUUUC CGCACCUG AU UUGCUCAACC U CUA UAAAG GUGUGGAC UA AACGAGUUGG A UGAAACCGGCAACUAAGAAU CU AGU UU^ A CCUAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-87-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCACCUGUAUCUUGCUCAACC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-87-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGA -67
Get sequence
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| Variant | Gpa-Mir-87-P2-v2 |
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| Seed | GAGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUCCUAAUUUUAAGCCGAUUUAUUUCAUUCGCACCUGUAUCUUGCUCAACCGUUACUUAUAUAAAAUCCGGUUGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGAGAAAUUCAUCUAAGAAUCAACGGCCAAAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUCCUAAUUUUAAGCC-- UU AUU U-| C CGUUACUUA GAU AUUUC CGCACCUG AU UUGCUCAAC U CUA UAAAG GUGUGGAC UA AACGAGUUG A UGAAACCGGCAACUAAGAAU CU AGU UU^ A GCCUAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gpa-Mir-87-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGCACCUGUAUCUUGCUCAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gpa-Mir-87-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGAGCAAAAUUUCAGGUGUGUGA -67
Get sequence
|
