| MirGeneDB ID | Loc-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-199-P1-v1 Loc-Mir-199-P2-v1 Loc-Mir-199-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cja-Mir-199-P2-v1 Cli-Mir-199-P2-v1 Cmi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v1 Dno-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2a-v1 Dre-Mir-199-P2b-v1 Eca-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v1 Gga-Mir-199-P2-v1 Gja-Mir-199-P2-v1 Gmo-Mir-199-P2a-v1 Hsa-Mir-199-P2-v1 Laf-Mir-199-P2-v1 Lch-Mir-199-P2 Mal-Mir-199-P2a-v1 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v1 Mmr-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v1 Oan-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v1 Pab-Mir-199-P2-v1 Pbv-Mir-199-P2-v1 Pma-Mir-199-o2-v1 Rno-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v1 Spt-Mir-199-P2 Sto-Mir-199-P2-v1 Tgu-Mir-199-P2-v1 Tni-Mir-199-P2a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG21: 12007937-12007997 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P2-v2) |
Mir-199-P2-v1
LG21: 12007937-12007997 [-]
Ensembl
Mir-199-P2-v2 LG21: 12007937-12007997 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Loc-Mir-199-P2-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGGAGUGCCCAGUGACCCGCCUCGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAGUUGUGGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGUGUGGGGGAGCUCGAGACAUCAAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGGAGUGCCCAGUGA--| CUC C U C U GGAAG CCCGC GCCUG CCAGUGU CAGACUAC UGU CA U GGGUG CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA GU U AGAACUACAGAGCUCGAGG^ UGU U C - U UGGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Loc-Mir-199-P2-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Loc-Mir-199-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Loc-Mir-199-P2-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGGAGUGCCCAGUGACCCGCCUCGCCUGCCCAGUGUUCAGACUACCUGUUCAGGAAGUUGUGGUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGUGUGGGGGAGCUCGAGACAUCAAGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGGAGUGCCCAGUGA--| CUC C U C U AGGAAG CCCGC GCCUG CCAGUGU CAGACUAC UGU C U GGGUG CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA G U AGAACUACAGAGCUCGAGG^ UGU U C - U UUGGUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Loc-Mir-199-P2-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUCAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Loc-Mir-199-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
