| MirGeneDB ID | Loc-Mir-430-o31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-430-o32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-430-P31a Hsa-Mir-430-P31b Mml-Mir-430-P31 Pab-Mir-430-P31a Pab-Mir-430-P31b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG7: 14528433-14528491 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o31) |
Mir-430-o32
LG7: 14528223-14528281 [-]
Ensembl
Mir-430-o31 LG7: 14528433-14528491 [-] Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGACUAUGCAAAAUGACACGUUCAGGCCCCUUCAAAGUGAAGCACUUGCUUGGAAUACCUGCAUGUAAGUGCUUAGUUUUGGAGUAGCUUUUAUGGGGUACAACAGAUCCAACGCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAGACUAUGCAAAAUG- A-| UC CC UG UUGGAAU AC CGU AGGC CUUCAAAG AAGCACUUGC \ UG GUA UUCG GAGGUUUU UUCGUGAAUG A AGCGCAACCUAGACAACA GG^ UU AU GA UACGUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-430-o31_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUUCAAAGUGAAGCACUUGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-430-o31_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAGUGCUUAGUUUUGGAGUAG -59
Get sequence
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