| MirGeneDB ID | Loc-Mir-430-o32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-430-o31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-430-P32 Mml-Mir-430-P32a1 Mml-Mir-430-P32a2 Mml-Mir-430-P32b Pab-Mir-430-P32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG7: 14528223-14528281 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o32) |
Mir-430-o32
LG7: 14528223-14528281 [-]
Ensembl
Mir-430-o31 LG7: 14528433-14528491 [-] Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUAAAAGAUGGGAAGCCCCACUUGAAUCGAACCUCGACUUUAGCACUGUUCUUGGUAUGAUAUUAGAAAGUGCUACCAAGUGGAGGUGUGAUCUGGUGUUGUAAUUGGCUUGGCUAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUAAAAGAUGGGAAGCCC--- U A A G --| G UGGUA CACU G AUCG ACCUC ACUU UAGCACU UUCU U GUGG C UAGU UGGAG UGAA AUCGUGA AAGA G GGUAUCGGUUCGGUUAAUGUU U - G G CC^ - UUAUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-430-o32_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUCGACUUUAGCACUGUUCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-430-o32_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAAGUGCUACCAAGUGGAGGUGU -59
Get sequence
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