| MirGeneDB ID | Loc-Mir-727-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-727-P3-v1 Loc-Mir-727-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG14: 8060650-8060711 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-P3-v2) |
Mir-727-P3-v1
LG14: 8060648-8060713 [+]
Ensembl
Mir-727-P3-v2 LG14: 8060650-8060711 [+] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-727-P3-v2 |
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| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGGAAUUAAUGUCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUGUUAUGGAAUUACUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUACAGAUUCAAGCACAACUAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGGGAAUUAAUGUCCU--| U C CU - CCGUGUUAU GUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC G CAUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G AAAUCAACACGAACUUAGA^ C A C- A AGUCAUUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-727-P3-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-727-P3-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUAA -62
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-727-P3-v1 |
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| Seed | CAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGGGAAUUAAUGUCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUGUUAUGGAAUUACUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUACAGAUUCAAGCACAACUAAAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGGGGAAUUAAUGUC--| U C CU - CCGUGUUAU CUGUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC G GACAUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G AUAAAUCAACACGAACUUA^ C A C- A AGUCAUUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-727-P3-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-727-P3-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UGAGGCGAGUUGAAGACUAAAA -66
Get sequence
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