| MirGeneDB ID | Loc-Mir-728 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-728 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-728-P1 Gmo-Mir-728-P1 Gmo-Mir-728-P2 Mal-Mir-728-P2 Tni-Mir-728-P1 Tni-Mir-728-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG14: 13267886-13267947 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-728) |
Mir-727-P4-v1
LG14: 13263402-13263467 [+]
Ensembl
Mir-727-P4-v2 LG14: 13263404-13263465 [+] Ensembl Mir-728 LG14: 13267886-13267947 [+] Ensembl |
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| Seed | UACUAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAUCACUGUAACUUUGGCAUUCCUUAGAAAAAUGUAGUAUACUAUAAGUGUACCUUCCACAUCAACAGUAUACUAAGUACACUACGUUUUCUUGAGGAAAACUGCAUCAACCCAAGCCGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAUCACUGUAACUUUGGCA--| GA A AUA CUUCCA UUCCUUA AAAAUGUAGU UACU AGUGUAC C AAGGAGU UUUUGCAUCA AUGA UCAUAUG A GAGCCGAACCCAACUACGUCAA^ UC C A-- ACAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-728_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUGUAGUAUACUAUAAGUGUAC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-728_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AUACUAAGUACACUACGUUUUC -62
Get sequence
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