| MirGeneDB ID | Mal-Mir-17-P2a2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mal-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P2a2a Mal-Mir-17-P4a1 Mal-Mir-17-P4a2 Mal-Mir-17-P4c Mal-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2a Ami-Mir-17-P2a Bta-Mir-17-P2a Cfa-Mir-17-P2a Cja-Mir-17-P2a Cli-Mir-17-P2a Cmi-Mir-17-P2a Cpi-Mir-17-P2a Cpo-Mir-17-P2a Dno-Mir-17-P2a Dre-Mir-17-P2a2 Eca-Mir-17-P2a Ete-Mir-17-P2a Gga-Mir-17-P2a Gja-Mir-17-P2a Gmo-Mir-17-P2a2 Hsa-Mir-17-P2a Laf-Mir-17-P2a Lch-Mir-17-P2a Loc-Mir-17-P2a Mdo-Mir-17-P2a Mml-Mir-17-P2a Mmr-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2a Mun-Mir-17-P2a Neu-Mir-17-P2a Oan-Mir-17-P2a Ocu-Mir-17-P2a Pab-Mir-17-P2a Pbv-Mir-17-P2a Rno-Mir-17-P2a Sha-Mir-17-P2a Spt-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2a Tgu-Mir-17-P2a Tni-Mir-17-P2a2 Xtr-Mir-17-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. albus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884718.1: 1737582-1737646 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2a2b) |
Mir-92-P1a2
KV884718.1: 1737049-1737107 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a2 KV884718.1: 1737153-1737213 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a2 KV884718.1: 1737279-1737339 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a2 KV884718.1: 1737448-1737505 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a2b KV884718.1: 1737582-1737646 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a2a KV884718.1: 1738638-1738702 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a2 KV884718.1: 1738987-1739045 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUUGCCACUCGAAGUACUGUCUUUGUGCUAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAGUGAAAUAGACUAGCACCUACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGCAUAAGGGGUUGUGAUAUGCGCCACCACACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUUGCCACUCGAAGUACUG-- --| U UC U A UGAAAUA UCUUUGUGCUA AGG GCA UAG GCAG UAG G GGGAAUACGGU UCC CGU AUC CGUC AUC A CCACACCACCGCGUAUAGUGUUG CU^ U GA C - CACGAUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-17-P2a2b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCAGAUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-17-P2a2b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACUGCCCUAAGUGCUCCUUCUGGC -65
Get sequence
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