| MirGeneDB ID | Mal-Mir-727-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-727-P2 Spt-Mir-727 Tni-Mir-727-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV885007.1: 635641-635707 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-P2-v1) |
Mir-728-P2
KV885007.1: 631676-631737 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-727-P2-v1 KV885007.1: 635641-635707 [-] UCSC Ensembl Mir-727-P2-v2 KV885007.1: 635643-635705 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-727-P2-v1 |
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| Seed | UGAGGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGGGACACCAAAUGUCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUUACUAAGGAAACUGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUACAGAUACAAGUAGCAGCUGGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGGGACACCAAAUGUC--| U C CU - CCGUUACUAA CUGUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC \ GACAUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G GAGGUCGACGAUGAACAUA^ C A C- A AGUGUCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-727-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-727-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAA -67
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-727-P2-v2 |
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| Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGACACCAAAUGUCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUUACUAAGGAAACUGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUACAGAUACAAGUAGCAGCUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGACACCAAAUGUCCU--| U C CU - CCGUUACUAA GUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC \ CAUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G GGUCGACGAUGAACAUAGA^ C A C- A AGUGUCAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-727-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-727-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUAA -63
Get sequence
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