| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-122 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-122-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-122 Ami-Mir-122 Bta-Mir-122 Cfa-Mir-122 Cja-Mir-122 Cli-Mir-122 Cmi-Mir-122 Cpi-Mir-122 Cpo-Mir-122 Dno-Mir-122 Dre-Mir-122 Ebu-Mir-122-P3 Ebu-Mir-122-P4 Eca-Mir-122 Ete-Mir-122 Gga-Mir-122-P1 Gga-Mir-122-P2 Gja-Mir-122 Gmo-Mir-122 Hsa-Mir-122 Laf-Mir-122 Lch-Mir-122 Loc-Mir-122 Mal-Mir-122 Mdo-Mir-122 Mml-Mir-122 Mmu-Mir-122 Mun-Mir-122 Neu-Mir-122 Oan-Mir-122 Ocu-Mir-122 Pab-Mir-122 Pbv-Mir-122 Pma-Mir-122 Rno-Mir-122 Sha-Mir-122 Spt-Mir-122 Sto-Mir-122 Tgu-Mir-122 Tni-Mir-122 Xla-Mir-122-P5 Xla-Mir-122-P6 Xtr-Mir-122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007679.1: 20290226-20290283 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-122) |
Mir-122-as
CM007679.1: 20290224-20290281 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-122 CM007679.1: 20290226-20290283 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACGGCUACAGAGUUUCCUUAGCAGAGCUGUGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGUGUCCAAACUAUCAAACGCCAUUAUCACACUAAAUAGCUACUGCUAGGCAAUCCUUCCGCUCCCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACGGCUACAGAGUUUC- -| GG C UGUCC CUUAGCAG AGCUGU AGUGUGA AAUGGUGUUUG A GGAUCGUC UCGAUA UCACACU UUACCGCAAAC A AUCCCUCGCCUUCCUAAC A^ AA A UAUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The 5p read is mono-adenylated at the 3p end. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmr-Mir-122_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Mmr-Mir-122_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AACGCCAUUAUCACACUAAAUA -58
Get sequence
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