| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1842 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1842-v1 Cfa-Mir-1842-v1 Cpo-Mir-1842-v1 Dno-Mir-1842-v1 Eca-Mir-1842-v1 Ocu-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007677.1: 2169459-2169519 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1842-v1) |
Mir-1842-v1
CM007677.1: 2169459-2169519 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1842-v2 CM007677.1: 2169459-2169518 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmr-Mir-1842-v1 |
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| Seed | UGGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGCGCCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUGGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACGUGGCAGGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGCGCCUGUGAGGUU--| GUGC UUG CG G AGGUGGG GGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCA U CCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGU C CGUGGACGGUGCACGAGGA^ ACCC UG- UG A UAUAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmr-Mir-1842-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Mmr-Mir-1842-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -61
Get sequence
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| Variant | Mmr-Mir-1842-v2 |
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| Seed | GGCUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCGCCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUGGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACGUGGCAGGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCGCCUGUGAGGUUGG C---| UUG CG G GGUGGG UGGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCAA U ACCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGUU C CGUGGACGGUGCACGAGG ACCC^ UG- UG A AUAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmr-Mir-1842-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Mmr-Mir-1842-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -60
Get sequence
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