| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 59097669-59097725 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v2) |
Mir-504-v1
chrX: 59097668-59097726 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-504-v2 chrX: 59097669-59097725 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-504-v2 |
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| Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGGAAUGUUGAAACUGCUCCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAAACUUACUGAAGGGAGAGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACUAAUGGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGGAAUGUUGAAACUG - - G A A-| UGUAA CUC CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC A GGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C AGGGUAAUCAUCGGACAC A U G A GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-504-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004889 miRDB: MIMAT0004889 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-504-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGGAGAGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-504-3p miRDB: MIMAT0017277 |
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| Variant | Mmu-Mir-504-v1 |
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| Seed | GACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAUGGAAUGUUGAAACUGCUCCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAAACUUACUGAAGGGAGAGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGGCUACUAAUGGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAUGGAAUGUUGAAACU - - G A A-| UGUAA GCUC CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC A CGGG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C AAGGGUAAUCAUCGGACA A U G A GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-504-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACCCUGGUCUGCACUCUAUC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004889 miRDB: MIMAT0004889 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-504-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGAGAGCAGGGCAGGGUUUCC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-504-3p miRDB: MIMAT0017277 |
