| MirGeneDB ID | Nag-Mir-12593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12593 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Thorny-headed worm 1 (Neoechinorhynchus agilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bko-Mir-12593 Bpl-Mir-12593 Ple-Mir-12593 Sne-Mir-12593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (N_agilis_genome_min1000_bacfree) |
k149_6078: 23700-23759 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12593-v1) |
Mir-12593-v1
k149_6078: 23700-23759 [+]
Ensembl
Mir-12593-v2 k149_6078: 23700-23759 [+] Ensembl |
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| Variant | Nag-Mir-12593-v1 |
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| Seed | AUUCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGAGGGCAUCAUGGCGUGAACCGUCAGCGCAGCUUCGCAAGGGAUAAUGUGACGAAUAAAGGUGUCACAUUCUCUUACGUAGUGGCGUUAAUCGUUUGUGCUCAAUUAGGUCCGUAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGAGGGCAUCAUGGC--|UG C C A U C UA ACGAAU G AAC GU AGCGC GCU CG AAGGGA AUGUG A U UUG UA UUGCG UGA GC UUCUCU UACAC A AGAUGCCUGGAUUAACUCG^GU C A G U A -- UGUGGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Nag-Mir-12593-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGCUUCGCAAGGGAUAAUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Nag-Mir-12593-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAUUCUCUUACGUAGUGGCGU -60
Get sequence
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| Variant | Nag-Mir-12593-v2 |
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| Seed | CAUUCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGAGGGCAUCAUGGCGUGAACCGUCAGCGCAGCUUCGCAAGGGAUAAUGUGACGAAUAAAGGUGUCACAUUCUCUUACGUAGUGGCGUUAAUCGUUUGUGCUCAAUUAGGUCCGUAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGAGGGCAUCAUGGC--|UG C C A U C UA CGAAU G AAC GU AGCGC GCU CG AAGGGA AUGUGA A U UUG UA UUGCG UGA GC UUCUCU UACACU A AGAUGCCUGGAUUAACUCG^GU C A G U A -- GUGGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Nag-Mir-12593-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGCUUCGCAAGGGAUAAUGUGA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Nag-Mir-12593-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACAUUCUCUUACGUAGUGGCGU -60
Get sequence
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