| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1388 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1388 Ami-Mir-1388 Bta-Mir-1388 Cfa-Mir-1388 Cli-Mir-1388 Cmi-Mir-1388 Cpi-Mir-1388 Cpo-Mir-1388 Dno-Mir-1388 Dre-Mir-1388 Eca-Mir-1388 Ete-Mir-1388 Gga-Mir-1388 Gja-Mir-1388 Gmo-Mir-1388 Laf-Mir-1388 Lch-Mir-1388 Loc-Mir-1388 Mal-Mir-1388 Mdo-Mir-1388 Mmr-Mir-1388 Mun-Mir-1388 Pbv-Mir-1388 Sha-Mir-1388 Spt-Mir-1388 Sto-Mir-1388 Tgu-Mir-1388 Tni-Mir-1388 Xtr-Mir-1388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041735.1: 20334932-20334992 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1388-v1) |
Mir-1388-v1
NC_041735.1: 20334932-20334992 [+]
Mir-1388-v2 NC_041735.1: 20334932-20334992 [+] |
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| Variant | Oan-Mir-1388-v1 |
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| Seed | UCUCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGGUGCCUGUUCAGUGGGGGGCGUGUCUAGGACUGUCUAACCUGAGAAUGGUGAUGUGUGAGGGUCAAUCUCAGGUUCGUCAGCCCAUGAAACGCCUUCUCCAGAUCCAACGCAGGGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGGUGCCUGUUCAGU--| G UA A UCU A GUGAUGU GGGGGGCGU UC GG CUG AACCUGAGA UG \ UCUUCCGCA AG CC GAC UUGGACUCU AC G CGGGGACGCAACCUAGACC^ A UA C UGC A UGGGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Oan-Mir-1388-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACUGUCUAACCUGAGAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Oan-Mir-1388-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0007169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCUCAGGUUCGUCAGCCCAUG -61
Get sequence
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| Variant | Oan-Mir-1388-v2 |
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| Seed | GGACUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGGUGCCUGUUCAGUGGGGGGCGUGUCUAGGACUGUCUAACCUGAGAAUGGUGAUGUGUGAGGGUCAAUCUCAGGUUCGUCAGCCCAUGAAACGCCUUCUCCAGAUCCAACGCAGGGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGGGUGCCUGUUCAGU--| G UA A UCU A UGAUGU GGGGGGCGU UC GG CUG AACCUGAGA UGG \ UCUUCCGCA AG CC GAC UUGGACUCU ACU G CGGGGACGCAACCUAGACC^ A UA C UGC A GGGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-1388-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACUGUCUAACCUGAGAAUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-1388-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUCUCAGGUUCGUCAGCCCAUG -61
Get sequence
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