| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1398 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041742.1: 18645998-18646053 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1398) |
Mir-1397
NC_041742.1: 18645071-18645128 [-]
Mir-1398 NC_041742.1: 18645998-18646053 [-] |
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| Seed | CCCUUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACACUAACAUGGCAAAAUCCAUCCUCUCAGCCCCUUUGUCAAUUACACUGCGGAGCUAGGGCAGCAGUGUUGUCGACUAGAGGACCGAGGAGAUGGAACUUCGGGAAAGAUGGGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACACUAACAUGGCAAAA--| CU AGCC - A U GGAGC UCCAUC CUC CCUUU GUC AU ACACUGC U AGGUAG GAG GGAGA CAG UG UGUGACG A CUGGGUAGAAAGGGCUUCA^ AG CCA- U C U ACGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-1398_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCCUUUGUCAAUUACACUGC -21
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-1398_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026760 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AGUGUUGUCGACUAGAGGACC -56
Get sequence
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