| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1397 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1397 Ami-Mir-1397 Cpi-Mir-1397 Gga-Mir-1397 Gja-Mir-1397 Neu-Mir-1397 Pbv-Mir-1397 Sha-Mir-1397 Spt-Mir-1397 Tgu-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041742.1: 18645071-18645128 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1397) |
Mir-1397
NC_041742.1: 18645071-18645128 [-]
Mir-1398 NC_041742.1: 18645998-18646053 [-] |
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| Seed | GCAUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGUCCCUGACACACUGCGAUGUGUGCAUUGCAUUGCGACGGGUUACAUCACUGGACGUAGCAUGAUGUAACCCAACGCAGCAUGAUGUAAGCGUCGUCAUACUUUGGAGAUUUAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAGUCCCUGACACACU--| G CA AC CUGGA GCGAUGU UGCAUUG UUGCG GGGUUACAUCA C UGCUGCG AUGUAGU GACGC CCCAAUGUAGU G AAAUUUAGAGGUUUCAUAC^ A AC AA ACGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-1397_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAUUGCGACGGGUUACAUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-1397_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGUAACCCAACGCAGCAUGAU -58
Get sequence
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