| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12500 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12500 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12500-v1 Npo-Mir-12500 Ovu-Mir-12500-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ418486: 141081-141141 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12500-v1) |
Mir-12500-v1
KQ418486: 141081-141141 [+]
Ensembl
Mir-12500-v2 KQ418486: 141081-141141 [+] Ensembl Mir-12500-v3 KQ418486: 141081-141141 [+] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12500-v1 |
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| Seed | UGUCGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGCCUGUGAAGUAAGGGUAGCUCCAGCCAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGGGAAUUCUCUCACCUUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGUGGGUUCCACCCCAGAUUCUACUAUAUAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGCCUGUGAAGUAA-- --| U G CC C- A GAAUU GGGU AGC CCA CCAAACA CCG CGGCUGA AAGG \ CCCA UUG GGU GGUUUGU GGC GUCGGCU UUCC C UGUAUAUAUCAUCUUAGAC CC^ - - U- CA G ACUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12500-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12500-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGU -61
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12500-v2 |
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| Seed | GUCGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGCCUGUGAAGUAAGGGUAGCUCCAGCCAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGGGAAUUCUCUCACCUUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGUGGGUUCCACCCCAGAUUCUACUAUAUAUGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGCCUGUGAAGUAA-- --| U G CC C- A GGAAUU GGGU AGC CCA CCAAACA CCG CGGCUGA AAG \ CCCA UUG GGU GGUUUGU GGC GUCGGCU UUC C UGUAUAUAUCAUCUUAGAC CC^ - - U- CA G CACUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12500-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAACACCCCGCCGGCUGAAAAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12500-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGU -61
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12500-v3 |
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| Seed | UCGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCUGCCUGUGAAGUAAGGGUAGCUCCAGCCAAACACCCCGCCGGCUGAAAAGGGAAUUCUCUCACCUUGUCGGCUGACCGGUUGUUUGGUGGGUUCCACCCCAGAUUCUACUAUAUAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGCCUGUGAAGUAA-- --| U G CC C- A GGGAAUU GGGU AGC CCA CCAAACA CCG CGGCUGA AA \ CCCA UUG GGU GGUUUGU GGC GUCGGCU UU C UGUAUAUAUCAUCUUAGAC CC^ - - U- CA G CCACUCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12500-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAACACCCCGCCGGCUGAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12500-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUCGGCUGACCGGUUGUUUGGU -61
Get sequence
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