| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12508 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Npo-Mir-12508 Ovu-Mir-12508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cephalopoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ419141: 196735-196794 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12508) |
Mir-12508
KQ419141: 196735-196794 [+]
Ensembl
Mir-12511 KQ419141: 202251-202313 [+] Ensembl |
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| Seed | GGUUUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGAUAAUGUGAGCUUUGCCCCAGUGGAGCUGGUUUUGUGAGAUGUUCAUUGGUUACAUAAAAUAUUCAGUGACCAUCUCUAAAACUAACUUUCCUGGUGGUCAUAACAACUUCAUACACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGAUAAUGUGAGCUUU- -| UG C U U UUACAU GCC CCAG GAG UGGUUUUG GAGAUG UCAUUGG \ UGG GGUC UUC AUCAAAAU CUCUAC AGUGACU A CACAUACUUCAACAAUAC U^ CU A - C UAUAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Obi-Mir-12508_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUUUUGUGAGAUGUUCAUUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Obi-Mir-12508_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGUGACCAUCUCUAAAACUAAC -60
Get sequence
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