| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12517-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12517 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Obi-Mir-12517-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12517 Ovu-Mir-12517-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ416676: 201531-201590 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12517-P2) |
Mir-12517-P1
KQ416676: 200240-200300 [+]
Ensembl
Mir-12517-P2 KQ416676: 201531-201590 [+] Ensembl |
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| Seed | UCGGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUAGGACAAUGUUACUAGCAUGCACGACCAUCUGACUUGUCUCCUGCUGAGCACAAUCUGCAUAUCCUCGGGAGACAAGUGAGAUGUCGUGCAUUAGCUGAUGAGACUACAGUCCUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAUAGGACAAUGUUAC- --| C G CU GCACAA UAGC AUGCACGAC AUCU ACUUGUCUCCUG GA U GUCG UACGUGCUG UAGA UGAACAGAGGGC CU C AGUCCUGACAUCAGAGUA AU^ - G UC AUACGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12517-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCUGACUUGUCUCCUGCUGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12517-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUCGGGAGACAAGUGAGAUGUC -60
Get sequence
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