| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12532 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Esc-Mir-12532-v1 Ovu-Mir-12532-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ418194: 2425999-2426059 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12532-v1) |
Mir-12532-v1
KQ418194: 2425999-2426059 [-]
Ensembl
Mir-12532-v2 KQ418194: 2426000-2426058 [-] Ensembl Mir-12532-v3 KQ418194: 2426001-2426057 [-] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12532-v1 |
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| Seed | CCGCGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCCUUUUUUAUUUAUCCAUUGCAGUUGUUAUACGAACAAGUGGCUGUCGGUUGAAUUUUACACACAUCCGCGAUCACUUGUUGUAUGAAGGCAAACGCGUGGAACUUUCGUCUGGCUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUCCUUUUUUAUUUAUC U AG ---| G GC U U AAUUU CA UGC UUGU UAUAC AACAAGUG UG CGG UG \ GU GCG AACG GUAUG UUGUUCAC GC GCC AC U UUUCGGUCUGCUUUCAAG - CA GAA^ - UA - U ACACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12532-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUACGAACAAGUGGCUGUCGGUUG -25
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12532-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCCGCGAUCACUUGUUGUAUGAA -61
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12532-v2 |
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| Seed | UCCGCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCUUUUUUAUUUAUCCAUUGCAGUUGUUAUACGAACAAGUGGCUGUCGGUUGAAUUUUACACACAUCCGCGAUCACUUGUUGUAUGAAGGCAAACGCGUGGAACUUUCGUCUGGCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCUUUUUUAUUUAUCCA-----| AGUUG G GC U U AAUUU UUGC UUAUAC AACAAGUG UG CGG UG \ AACG AGUAUG UUGUUCAC GC GCC AC U UUCGGUCUGCUUUCAAGGUGCGCA^ GA--- - UA - U ACACA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12532-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACGAACAAGUGGCUGUCGGUUGA -25
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12532-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUCCGCGAUCACUUGUUGUAUGA -59
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12532-v3 |
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| Seed | AUCCGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUUUUUUAUUUAUCCAUUGCAGUUGUUAUACGAACAAGUGGCUGUCGGUUGAAUUUUACACACAUCCGCGAUCACUUGUUGUAUGAAGGCAAACGCGUGGAACUUUCGUCUGGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUUUUUUAUUUAUCCA-----| AGUUG G GC U U AAUUU UUGC UUAUAC AACAAGUG UG CGG UG \ AACG AGUAUG UUGUUCAC GC GCC AC U UCGGUCUGCUUUCAAGGUGCGCA^ GA--- - UA - U ACACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12532-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACGAACAAGUGGCUGUCGGUUGAA -25
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12532-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CAUCCGCGAUCACUUGUUGUAUG -57
Get sequence
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