| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-337 Cpo-Mir-337-v1 Dno-Mir-337-v1 Eca-Mir-337 Hsa-Mir-337-v1 Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-v1 Mmr-Mir-337-v1 Mmu-Mir-337 Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337-v1) |
Mir-337-as
chrUn0352: 1560-1620 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-337-v1 chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl Mir-337-v2 chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chrUn0352: 6784-6857 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chrUn0352: 7903-7958 [+] UCSC Ensembl Mir-432 chrUn0352: 9852-9920 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chrUn0352: 31816-31871 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-337-v1 |
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| Seed | AACGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCGGCCCGCGGUCGGUAGUUGGGGGAUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUUGCACAGUCAUCCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCAUCCUCUUCAACCACGCACAGCCUCCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCGGCCCGCGGUCGGUA -- -| C U C UGAUUGCA GUUG GGGGAUG GGAA GGC UCAUA AGGAGU C CAAC CUCCUAC UCUU CCG AGUAU UCCUCG A CAGGCCUCCGACACGCAC UU U^ U U A ACCUACUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-337-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGU -20
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ocu-Mir-337-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCCUAUAUGAUGCCUUUCUUC -61
Get sequence
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| Variant | Ocu-Mir-337-v2 |
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| Seed | AACGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCGGCCCGCGGUCGGUAGUUGGGGGAUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUUGCACAGUCAUCCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCAUCCUCUUCAACCACGCACAGCCUCCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCGGCCCGCGGUCGGUA -- -| C U C GAUUGCA GUUG GGGGAUG GGAA GGC UCAUA AGGAGUU C CAAC CUCCUAC UCUU CCG AGUAU UCCUCGA A CAGGCCUCCGACACGCAC UU U^ U U A CCUACUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-337-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048384 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGUU -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ocu-Mir-337-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUC -61
Get sequence
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