| MirGeneDB ID | Laf-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-337 Cpo-Mir-337-v1 Dno-Mir-337-v1 Eca-Mir-337 Eca-Mir-337-as Hsa-Mir-337-as Hsa-Mir-337-v1 Mml-Mir-337-as Mml-Mir-337-v1 Mmr-Mir-337-v1 Mmu-Mir-337 Mmu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-v1 Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010036.1: 75676529-75676588 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337) |
Mir-136
GL010036.1: 75660902-75660957 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-127 GL010036.1: 75662711-75662766 [-] UCSC Ensembl Mir-433 GL010036.1: 75663797-75663870 [-] UCSC Ensembl Mir-431 GL010036.1: 75664666-75664729 [-] UCSC Ensembl Mir-337 GL010036.1: 75676529-75676588 [-] UCSC Ensembl Mir-493 GL010036.1: 75678752-75678809 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CCUAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCGCGCCAUAGUCAGUAGGUGGGGGGUGAGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUGCACAGUUAUCCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCAUCCCCUUCAACCACUCGCAGCCCCCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUCGCGCCAUAGUCAGUA---| U - C U C UGAUGCAC GG GGGGGGUGA GAA GGC UCAUA AGGAGU \ CU UCCCCUACU CUU CCG AGUAU UCCUCG A CAGGCCCCCGACGCUCACCAA^ - U U U A ACCUAUUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-337_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGU -20
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-337_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCCUAUAUGAUGCCUUUCUUC -60
Get sequence
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