| MirGeneDB ID | Pab-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-873-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-873 Mmr-Mir-873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054692.2: 29140914-29140970 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-873-v2) |
Mir-873-v1
CM054692.2: 29140913-29140971 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-873-v2 CM054692.2: 29140914-29140970 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v2 CM054692.2: 29163130-29163192 [+] UCSC Ensembl Mir-876-v1 CM054692.2: 29163132-29163190 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pab-Mir-873-v2 |
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| Seed | CAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCUGCUUAGAAUAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUCAUUUCUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCUGCUUAGAAUAAG--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA UUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ AAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A CAUCUUUACUCAUCCUUCU^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-873-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAGGAACUUGUGAGUCUCCUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-873-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- GGAGACUGAUGAGUUCCCGGGA -57
Get sequence
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| Variant | Pab-Mir-873-v1 |
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| Seed | GCAGGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCCUGCUUAGAAUAAGUUUGUGUGCAUUUGCAGGAACUUGUGAGUCUCCUAUUGAAAAUGAACAGGAGACUGAUGAGUUCCCGGGAACACCCACAAAUCUUCCUACUCAUUUCUACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUCCUGCUUAGAAUAA--| UGCAUUUGCA UG G AUUGAA GUUUGUG GGAACU U AGUCUCCU \ UAAACAC CCUUGA A UCAGAGGA A UCAUCUUUACUCAUCCUUC^ CCACAAGGGC GU G CAAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-873-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAGGAACUUGUGAGUCUCCU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Pab-Mir-873-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GAGACUGAUGAGUUCCCGGGAA -59
Get sequence
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