| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4829-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4829 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-4829-P2 Pfl-Mir-4829-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sko-Mir-4829-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD533351.1: 109641-109700 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4829-P1) |
Mir-4829-P1
LD533351.1: 109641-109700 [+]
Mir-4829-P2 LD533351.1: 109846-109914 [+] Mir-4829-P3 LD533351.1: 110032-110091 [+] |
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| Seed | GUACUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAGAGUCCAAUUGUUGUAGGGGUUGAGGCAGACAUUCGCAAGAGCACAUUUUGACACUAACAAUAAUGUACUCUUCCUAAUGCCUGGCUCACUCUCUAGCCCUUGUCAACACCUGGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACAGAGUCCAAUUGUUG--| GU G A CGC C UUGACA UAGGG UGAG CAG CAUU AAGAG ACAUU C AUCUC ACUC GUC GUAA UUCUC UGUAA U UUGGUCCACAACUGUUCCCG^ UC G C UCC A UAACAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pfl-Mir-4829-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGACAUUCGCAAGAGCACAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pfl-Mir-4829-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUACUCUUCCUAAUGCCUGGC -60
Get sequence
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