| MirGeneDB ID | Sha-Mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1805 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1805 Ami-Mir-1805 Cli-Mir-1805 Cpi-Mir-1805 Gga-Mir-1805 Gja-Mir-1805-P3 Gja-Mir-1805-P4 Mdo-Mir-1805 Neu-Mir-1805 Pbv-Mir-1805 Spt-Mir-1805 Tgu-Mir-1805 Xla-Mir-1805-P1 Xla-Mir-1805-P2 Xtr-Mir-1805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL850024.1: 49162-49222 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAUUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGAAAGAAUGCAAGGGAUGGAUUCUGGGAGUUGUAGCCUUUCAAACAGAGCUUUGUAUGUAUACACCUGUAUUGGAACACUACAGCUCCCCGAACUUCCUCAUGUCACUCCCUGUCUAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGGAAAGAAUGCAAGG- U -- U CC -| AGCUUUGU GA GGA UUC GGGAGUUGUAG UUUCAA ACAG A CU CCU AAG CCCUCGACAUC AAGGUU UGUC U AAUCUGUCCCUCACUGUA - UC C AC A^ CACAUAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sha-Mir-1805_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGUAGCCUUUCAAACAGA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Sha-Mir-1805_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGUAUUGGAACACUACAGCUCC -61
Get sequence
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