| MirGeneDB ID | Sha-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sha-mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-383-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mun-Mir-383 Spt-Mir-383 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL864737.1: 2362166-2362228 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-383-v2) |
Mir-383-v2
GL864737.1: 2362166-2362228 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-383-v1 GL864737.1: 2362167-2362228 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-383-v2 |
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| Seed | AGAUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGCAGAAGCUCCAAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGCAGACAUGGAACAGCCACAUCACUGGCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUGGGCCUCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAGCAGAAGCUCCAAAGU C C-| A AA U UUGGGCAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUGAU GUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCACUA CACCGA A CACUCCGGGUUCCGAUCCU A AA^ A GG - CAAGGUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are not enough 3p reads to reliably assess whether this is a Group 2 miRNA, but this version is a Group 2 in other taxa where it can be assessed. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-383-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0022829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-383-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCACAUCACUGGCUGGUCAGA -63
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-383-v1 |
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| Seed | GAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCAGAAGCUCCAAAGUCACCUGCUCCUCAGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCUUUGGGCAGACAUGGAACAGCCACAUCACUGGCUGGUCAGAAAGAGCAAGUGUCCUAGCCUUGGGCCUCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCAGAAGCUCCAAAGU- C C-| A AA U UUGGGCAG CAC UGCUC UC GAUCAG GGUGAU GUGGCU \ GUG ACGAG AG CUGGUC UCACUA CACCGA A CACUCCGGGUUCCGAUCCU A AA^ A GG - CAAGGUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-383-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0022829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAUCAGAAGGUGAUUGUGGCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-383-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CCACAUCACUGGCUGGUCAGA -62
Get sequence
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