| MirGeneDB ID | Sha-Mir-7392-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7392 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-7392-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-7392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867604.1: 507292-507347 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7392-P2) |
Mir-7392-P2
GL867604.1: 507292-507347 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7392-P3 GL867604.1: 509380-509435 [+] UCSC Ensembl Mir-7394-P1 GL867604.1: 514669-514722 [+] UCSC Ensembl Mir-7394-P2 GL867604.1: 524445-524498 [+] UCSC Ensembl Mir-7397 GL867604.1: 528131-528186 [+] UCSC Ensembl Mir-7394-P3 GL867604.1: 530112-530166 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACGAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCAAGUAUCAGAAGUGAGAUGCCCUGGGUACGAGUAUACCAUGGUUACCUGAGUGUAUUUUGGUAACCUCAGGAUACUCGUUCCUGGUGUAUACUUCUUUGUCCACUUACAACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUCAAGUAUCAGAAGU- -| C UG U A AU- UGAGU GAG AUGC C GG ACGAGUAU CC GGUUACC G UUC UAUG G CC UGCUCAUA GG CCAAUGG U ACAACAUUCACCUGUUUC A^ U GU U - ACU UUUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-7392-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACGAGUAUACCAUGGUUACC -21
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-7392-P2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAACCUCAGGAUACUCGUUCC -56
Get sequence
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